Toda série quadrinizada, quando passa das revistas para a televisão, recebe algumas modificações para se adaptar melhor ao novo tipo de mídia. O caso de Naruto não foi diferente – existem várias diferenças entre o anime e o mangá. Normalmente, essas adaptações não interferem muito no enredo original da HQ e não ferem o propósito final do autor. Às vezes, existem apenas para intercalar acontecimentos ou estender momentos de humor ou emoção, e nem chegam a ocupar muito tempo da animação. Contudo, Naruto também exibe episódios inteiramente fora do que foi mostrado nos mangás, criando, inclusive, novos personagens, jutsus, kekkei genkai etc. Nas primeiras temporadas (mais precisamente da primeira à terceira temporada, o equivalente aos episódios de 1 a 78), o anime seguiu quase que fielmente o enredo de Kishimoto Masashi, com algumas exceções, como:

 

Episódio 26 - "Relatório Especial: Ao vivo da Floresta de Morte" "Zettai hikken! Shi no Mori chokusen rupo! Konoha no gakkyū shinbun da kore!" (絶対必見！死の森直前ルポ！木ノ葉の学級新聞だコレ！)

Episódio 59 - "As Lutas Finais: Corra para a Arena de Batalha!" "Mō retsu Mō Tsui Mō Dasshu Hansen kaishi dattebayo" (モー烈 モー追 モーダッシュ　本選開始だってばよ)

  A partir da quarta temporada, esse tipo de episódio não baseado no mangá começou a se tornar mais freqüente, como no hilário episódio 101, "Preciso ver! Preciso Saber! A verdadeira face de Kakashi-sensei!" (por muitos considerado o episódio mais engraçado do anime). Também é o caso do arco do País do Chá, que mostrou um caminho diferente para a luta no terraço do hospital, entre Sasuke e Naruto – originalmente, Sasuke estaria internado por causa do Magenkyou Sharingan de Itachi, como foi mostrado no mangá; no anime, no entanto, Sasuke estava se recuperando de sua batalha contra Aoi.

Fillers

  "Filler" é uma palavra do inglês que quer dizer "enchimento". Os episódios fillers são aqueles completamente desvinculados do enredo original do mangaka, criados com o objetivo de distanciar o anime do mangá. Como cada episódio normal engloba uma média de um a dois capítulos do mangá, a animação muitas vezes ultrapassa os quadrinhos. O anime Naruto estava quase acompanhando o mangá, por isso os produtores começaram a lançar esses episódios de "enchimento". Como o uso de alguns fillers ocasionais não conseguiria evitar que anime e mangá emparelhassem, começaram a surgir temporadas inteiras de fillers.
   O próprio arco do País do Chá, apesar de ter sido o estopim que culminou no desentendimento entre Sasuke e Naruto, foi a primeira das sagas fillers que passaram a se tornar constantes a partir do episódio 135 – em que a primeira fase de Naruto teoricamente acabaria, dando lugar a Naruto: Shippuuden. A partir daí, começam os arcos originais do anime, contando da quinta à nona temporada:

 

Saga: Infiltração no Esconderijo de Orochimaru Episódios: 136-141 Observação: Esse arco foi criado para justificar a escolha de Sakura em se tornar aluna de Tsunade. No mangá, ela decide isso logo após sair do quarto de hospital onde Naruto se recuperava da batalha no Vale do Fim.

Saga: O Retorno e Mizuki Episódios: 142-147 Observação: Nesse arco, o chuunin Mizuki – cuja primeira e única aparição tinha sido no capítulo pilot de Naruto – volta a criar confusão em Konohagakure.

Saga: Em busca do Bikochu Episódios: 148-151 Observação: Outra característica dos fillers é dar espaço e importância a personagens secundários ou pouco explorados. Nesse arco, por exemplo, Hyuuga Hinata mostra uma técnica nova de defesa absoluta.

Saga: Raiga Episódios: 152-156 Observação: Alguns dos fillers exploram informações deixadas em aberto no mangá, como os Sete Espadachins da Névoa – neste caso, Raiga é um dos membros do grupo.

Saga: Plano de Sobrevivência Episódio: 158

Saga: Caçador de Recompensas Episódios: 159-160

Saga: Feras Verdes Episódio: 161

Saga: País dos Pássaros Episódios: 162-167

Saga: Ninjas Cozinheiros Episódio: 168 Observação:Tributo às séries cujo enredo gira em torno da cozinha, como "Yakitate!Japan".

Saga: País do Mar Episódios: 169-173 Observação: Essa saga conta parcialmente a história que levou Anko a querer destruir seu antigo professor, Orochimaru, já que o ponto de vista dela não havia sido muito explorado durante o Chuunin Shiken.

Saga: Dinheiro versus Verdade Episódio: 174

Saga: Caça ao Tesouro Episódios: 175-176

Saga: Vila das Águas Termais (Ninja-Carteiro) Episódio: 177

Saga: Vila Oculta da Estrela Episódios: 178-183 Observação: Esse arco cria uma nova vila ninja que obtém poder usando o chakra de um meteorito. A canção de ninar "Natsuhiboshi" ("Estrela do Verão") vale a pena ser conferida.

Saga: O longo dia de Kiba Episódio: 184

Saga: A lenda de Onbaa Episódio: 185

Saga: A risada de Shino Episódio: 186 Observação: Talvez a única oportunidade de ver Aburame Shino numa crise de riso.

Saga: Centro de Mudanças de Konoha Episódios: 187-191

Saga: Pocchari Paradise Episódio: 192

Saga: Dojo do Lee Episódio: 193

Saga: O Castelo Amaldiçoado Episódio: 194

Saga: A Terceira Grande Fera Episódios: 195-196

Saga: Konoha 11 Episódios: 197-201 Observação: Todos gennins (e Shikamaru) que chegaram às fases finais do Chuunin Shiken participam desse arco.

Especial: As Cinco Melhores Batalhas Episódio: 202 Observação: São basicamente as cinco batalhas do arco "Resgate de Sasuke" – a menos votada é Sasuke x Naruto no topo do hospital e a mais votada, Sasuke x Naruto no Vale do Fim.

Saga: Clã Kurama Episódios: 203-207

Saga: Kacho Fugetsu Episódio: 208

Saga: Shinobazu Episódios: 209-212

Saga: Menma Episódios: 213-215

Saga: Shintenshonin Episódios: 216-220 Observação: Último arco de fillers, envolve o time de gennins de Suna: Gaara, Kankurou e Temari. No episódio final, usa as últimas cenas do mangá da primeira fase – a conversa entre Naruto e Jiraya no quarto de hospital e os dois partindo para uma jornada fora da vila.

Reação dos Fãs

  O fandom de Naruto, como um todo, não ficou nada satisfeito com quase dois anos de "embromation", e alguns chegam a dizer que a série perdeu muito de seu prestígio com tantas temporadas de fillers. Por causa dessa reação negativa, os produtores do anime estão tomando bastante cuidado com Naruto: Shippuuden, estendendo as cenas e acrescentando bastantes novidades no anime para evitar a necessidade de novos episódios de "enchimento".

Kakashi Gaiden

  "O conto de Kakashi" é, por enquanto, exclusivo do mangá. Conta a história de como Hatake Kakashi ganhou um olho com o Sharingan e explica razoavelmente o caráter e a personalidade do professor do Time Sete. Personagens importantes, como o ainda sem nome Yondaime Hokage (chamado apenas de "sensei" por seus alunos) e Uchiha Óbito, fazem sua primeira aparição efetiva no enredo. Também há referências a Hatake Sakumo (Konoha no Shiroi Kiba, a Presa Branca de Konoha), o pai de Kakashi, e à batalha entre Konohagakure e Iwagakure durante uma das Grandes Guerras Ninja. A política de trabalho em equipe de Kakashi e seu dogma de que os companheiros são mais importantes que o cumprimento de uma missão nasceram em Kakashi Gaiden, que corresponde aos senguintes capítulos do mangá:

 

239.	Gaiden #1: O Começo da Missão...!!
240.	Gaiden #2: Trabalho em equipe!!
241.	Gaiden #3: Um Verdadeiro Herói!!
242.	Gaiden #4: Ninja Chorão
243.	Gaiden #5: Presente
244.	Gaiden Fim: Herói do Sharingan