A partir do momento em que os "Alunos da Academia Ninja" se tornam Gennins, passam a realizar as chamadas Missões. As missões ninjas são pedidos e serviços encomendados por outras vilas que por não terem como executar os serviços, contratam outras vilas. Estes serviços variam entre a simples limpeza de um determinado lugar, ou a captura de um certo animal, como até mesmo a captura ou o eliminação de um shinobi de alto nível.
   As missões são divididas de acordo com o ranking ninja. E os ninjas geralmente recebem dinheiro executando estas missões (está ai a resposta para aqueles que achavam que os ninjas sobreviviam de vento). Além disso, as missões são a maior fonte de arrecadação de renda para uma vila e, de acordo com o nível de cada missão, maior será custo. Veja a classificação das missões:

 

   Missões que envolvem vários Países. Geralmente as missões de Nível S estão relacionadas com as guerras que ocorrem, tendo de ir para outros países ajudar nas lutas. Outras missões que podem ser classificadas como nível S, é o transporte de documentos e artefatos de importância imensuráveis, quando alguém de muita importância é assassinado, ou quando alguma pessoa de gigantesca importância necessita de escolta.

   Ex.: Na 6ª Temporada do anime, Jiraya, Uzuamki Naruto e Haruno Sakura, são enviados a uma missão de investigação na vila oculta do som, à procura de informações sobre Orochimaru e Uchiha Sasuke. Missões de investigação sobre ninjas do nível de Orochimaru são consideradas missões de altíssimo risco, ou seja, missões de Nível S. (ocorre entre os episódios 136 e 141).

   Custo: acima de 1.000.000 ryou, o valor é de acordo com a missão.

 

   Missões atribuídas a jounnins ou até mesmo ao kage da vila. Todas as missões de Nível A apresentam dificuldades muito altas, na qual geralmente envolvem captura de ninjas foragidos, escolta de pessoas muito importantes e a eliminação de ninjas de alto nível.

   Ex.: Logo na primeira temporada, o time 7 de Uzumaki Naruto, Uchiha Sasuke e Haruno Sakura, percebem que a missão que supostamente seria de Nível C se transforma numa missão de Nível A. Estão na escolta de Tezuna ao país das ondas, quando Zabuza, um shinobi de nível Jounnin aparece para executar Tezuna à comando de Gatou. Por fim a missão é completada com sucesso, os Shinobis de Konoha retornam a vila e Zabuza acaba morrendo junto de Haku, um jovem shinobi que acompanha Zabuza (ocorre entre os episódios 06 e 19).

   Custo: de 150.000 à 1.000.000 ryou, o valor é de acordo com a missão.

 

   Missões atribuídas a chuunins ou jounnin. O nível de dificuldade destas missões é alto e sempre envolvem combate com outros ninjas de níveis médio/baixo, missões de espionagem e assassinato de ninjas.

   Ex.: Na temporada Filler do anime, Uzumaki Naruto, Aburame Shino, Yamanaka Ino e a Jounnin Mitarashi Anko, vão a uma ilha a procura de informações sobre Orochimaru, e obviamente Uchiha Sasuke, que por fim, acabam voltando para Konoha sem muitas informações (Tudo ocorre entre os episódios 169 e 173).

   Custo: de 80.000 à 200.000 ryou, o valor é de acordo com a missão.

 

   Missões atribuídas a gennins ou chuunins, a maioria das missões são realizadas neste nível. Dificuldade média. Geralmente missões em que se acompanham pessoas importantes para o destino delas, estas missões ajudam muito no desenvolvimento e percepção dos ninjas.

   Ex.: Logo na primeira temporada do anime, Sarutobi, convoca o time 7 de Uzumaki Naruto, Uchiha Sasuke e Haruno Sakura juntos com Hatake Kakashi, à uma missão com a finalidade de acompanhar e proteger um construtor de pontes, com o nome Tezuna, até seu pais natal, o Pais das Ondas. Mais no desenrolar da historia, a missão acaba se transformando em uma missão Nível A (ocorre entre os episódios 06 e 19).A maioria das missões de Nível C ocorrem na temporada Filler de Naruto.

   Custo: de 30.000 à 100.000 ryou, o valor é de acordo com à missão.

 

   Missões atribuídas a gennins que acabaram de se formar na Academia. Nível de dificuldade mínimo, servem apenas para adaptar o ninja às missões, assim recebendo outras melhores no futuro. Geralmente são missões para resgatar animais, limpar canteiros, recolher lixos e etc. É valido lembrar que nenhuma missão de Nível D tem batalhas, no máximo exercícios corporais.

   Ex.: Logo na primeira temporada ocorrem missões de Nível D, quando Uzumaki Naruto, Uchiha Sasuke e Haruno Sakura, acabam de se formar como Gennins, a primeira delas, é a missão de captura à um gato perdido na mata. Em outra ocasião também aparece o time dos gennins despoluindo um rio de Konoha (ocorre no epsódio 06).

   Custo: de 5.000 à 50.000 ryou, o valor é de acordo com a missão.